Создайте файл .user.ini в директории httpdocs со следующим содержимым:

session.gc_maxlifetime=86400
session.cookie_lifetime=86400

Изменения начнут действовать в течение 5 минут.

Это будет работать только для php 5.3 и выше.

Изменить возможно не все параметры, а только PHP_INI_PERDIR, PHP_INI_USER и PHP_INI_ALL. Полный список параметров php описан в документации.