Вы можете выполнять запуск скриптов на языке PHP в указанное время с желаемой периодичностью. Для этого требуется использовать PHP интерпретатор, пример команды указан в панели управления при создании задания.

Поскольку не все PHP-программы могут работать без предварительной модификации, можно запускать их через wget. Например:

/usr/bin/wget -O /dev/null -q "http://mydomain.mchost.ru/cron.php?action=123"

Если в скрипте используются функции require, include, причём в них указаны относительные пути, то в начале выполняемого скрипта используйте вызов функции chdir(), которая задаст текущую рабочую директорию.