Здравствуйте, я использую CodeIgniter и файл .htaccess со следующей настройкой:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/assets/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
 

Который должен перенаправлять все запросы на index.php, кроме запросов, которые начинаются на /assets/.
У себя на локальном пк(тестовом) данная настройка вместе с apache всё ок, но у Вас используется, как я понял, nginx, но есть каким-то образом возможность использовать файл .htaccess, что здорово, но он почему-то не работает, не подскажите почему?