Сохраняете файлы поддомена на ПК, удаляете поддомен с раздела "Поддомены" и добавляете как отдельный домен в разделе "Сайты", восстанавливаете файлы.
Если нужна помощь в этом - напишите в тикет в котором вы об этом спрашивали.

Cпасибо - всё понятно объяснили

Что за бредятина? "Поддомен должен быть размещен как отдельный домен."

Здравствуйте. Отдельно к поддомену можно будет подключить сертификат, только если он размещен в панели хостинга как отдельный сайт. Как вариант можно подключить к основному домену wildcard SSL, который будет распространятся и на поддомены.

Как подключить этот Wildcard если уже есть на основном обычный Let's encrypt, должно быть меню подключить wild card, но его нету, а ставить субдомен как отдельный не хочется.

Здравствуйте.
Пожалуйста, создайте запрос через "Поддержка" https://cp.mchost.ru/request.php и запросите заменить SSL сертификат.