Полный путь к файлам сайта зависит от используемой услуги и панели управления. 

/home/httpd/vhosts/доменное_имя/httpdocs/ - для услуг виртуального, CMS и Premium-хостинга;
/var/www/имя_пользователя/data/www/доменное_имя/ - для услуги VPS с установленной панелью ISPmanager;
/home/имя_пользователя/web/доменное_имя/public_html/ - для услуги VPS с панелью VestaCP;
/home/bitrix/доменное_имя/ - для услуги VPS с предустановленным 1C-Битрикс.