По умолчанию файлы cgi (perl, скомпилированные "C"-программы) необходимо загружать в директорию cgi-bin. 

Также есть возможность загрузить свои perl скрипты во вложенную директорию в httpdocs (например httpdocs/perl) и вызывать их оттуда.

Для этого добавьте в файл .htaccess строчки:

SetHandler cgi-script 
Options +ExecCGI

Для файлов cgi (perl, скомпилированные "C"-программы), права доступа должны быть 755 (rwx-rx-rx).