Иногда для корректной работы скрипта, который запускается с помощью планировщика,

необходимо передать переменные, перечисленные в .bash_profile пользователя.

Для этих целей необходимо использовать команду source.

К примеру:

source /home/httpd/vhosts/DOMAIN/.bash_profile; python /home/httpd/vhosts/DOMAIN/cgi-bin/script.py

где DOMAIN - имя вашего домена.